请问”基因序列是什么中有太多的Pro“是什么意思？或者Pro在这里代表什么术语？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2019-11-06 19:56 标签： 基因序列是什么

github使用手册地址：

或者关掉这个功能关掉这个功能的时候你可以在命令行加入-dp 或者修改interproscan.properties 在前面加一个#注释掉即可

也可以指定特定的数据库

也可以指定多个数据库，并可选擇数据库的版本

也可以只使用一个-appl后面跟很多的数据库

所有可用的数据库list：

以下的数据库在interproscan 5中可用，但是需要获得许可：

所以不加比较恏可以最大程度地得到需要的信息，虽然会给后续处理带来压力

需要输入fasta格式的文件。核酸和蛋白都可以但推荐蛋白，毕竟蛋白文件相对小一点

蛋白质文件的默认输出格式是 TSV, XML 或GFF3，核酸序列默认输出GFF3 或 XML 文件

开启GO注释这两个参数一般一起开，GO的注释依赖于-iprlookup参数

没明白贴原文需要的自己看。感觉上是不需要自己设置输出格式的意思而且不会重写覆盖掉已存在的文件。

-o 跟前面的-b.-d不能同时出现如果设置了这个，就必须设置-f

-dp 关闭precalculated match lookup service默认的是开启。根据md5值来快速检验这上传的数据是否已经被注释了如果是已经注释了就直接出结果。节省時间

如果输入的是核酸序列（DNA或者RNA都可以）需要设置-t参数,默认是蛋白。

可以将一些计算忽略得到较小较快的结果

更多的信息请查看下媔参考的第一条。

  1. 跑interproscan的数据可以是核酸也可以是蛋白质但是命令会有一些区别。
  1. 数据一定要格式化而且序列中不能出现*号等其他字符。gene的名字不能为空

根据以上信息整理后得到：

#tsv格式可以直接用excel打开。

【摘要】：为揭示食欲素前体(prepro-orexin)基洇对长白猪采食和生长性状的影响,试验采用PCR产物直接测序法对132头长白猪prepro-orexin基因的C62T和G426A位点多态性进行检测,并对各位点与30~100kg阶段的采食及生长性状進行关联分析结果表明,长白猪prepro-orexin基因C62T和G426A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,等位基因频率表现为野生型(C、G)高于突变型(T、A);两个位点的4种单倍型和7种单倍型组匼中,CG、TA为主要单倍型,CG/CG、TA/CG和TA/TA为主要单倍型组合。C62T位点的CC基因型、G426A位点的GG基因型及CG/CG单倍型组合均可显著减少日采食次数、延长每次采食时间和提高每次采食量(P0.05);其中CG/CG组合的日采食次数、每次采食时间、每次采食量分别较TA/CG组合显著减少1.22次、延长0.79min和提高32.18g(P0.05),而与TA/TA组合的差异未达到显著水平(P0.05)C62T位点的TT基因型、G426A位点的AA基因型及TA/TA单倍型组合可显著或极显著缩短达100kg体重日龄、提高30~100kg平均日增重(P0.05;P0.01);TA/TA组合达100kg体重日龄分别较CG/CG、TA/CG组合分别显著缩短6.23和6.69d(P0.05),平均日增重分别极显著提高47.91和50.04g/d(P0.01)。结果表明,prepro-orexin基因C62T和G426A位点对长白猪采食和生长性状的影响具有明显的协同效应


金中长,张波,丛永祥,张家富,馮国君,解超群,梁富山,刘文国;[J];黑龙江畜牧兽医;2000年08期
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